헌법재판소가 한정위헌으로 결정한 구 조세감면규제법 부칙 23조에 대해 대법원이 다시 유효하다는 판결을 내려 헌재와 대법원의 갈등이 다시 표출될 것으로 보인다.

특히 대법원이 "한정위헌은 법적인 근거가 없는 결정 형식으로 헌법에 반하며 사법권 독립을 침해하는 것"이라고 지적함에 따라 헌재의 대응이 주목된다.

이는 작년 5월 헌재가 대법원 판결을 뒤집고 해당 조항에 대해 내린 한정위헌 결정을 다시 뒤집은 판결이다.

대법원 1부(주심 김창석 대법관)는 28일 ㈜KSS해운이 "구 조세감면규제법 부칙 23조가 효력을 잃은 만큼 이에 근거한 법인세 부과를 취소해 달라"며 서울 종로세무서장을 상대로 낸 법인세부과처분 취소 재심청구 소송에서 청구를 기각하고 원고 패소 판결했다.

재판부는 "헌재는 위헌 여부 결정 권한을 행사하기 위한 범위 내에서 법률해석을 할 수 있을 뿐 법률의 해석기준을 법원에 제시할 수 있는 권한은 없다"면서 "법률 조항의 특정한 해석·적용만을 위헌으로 선언하는 한정위헌은 법적인 근거가 없는 결정 형식"이라고 지적했다.

재판부는 "한정위헌 결정은 헌법에 반하고 사법권 독립을 침해하는 것"이라며 "법원을 기속하지 못하므로 확정판결에 대한 재심사유도 될 수 없다"고 못박았다.

KSS해운은 상장을 전제로 기업에 조세감면 혜택을 주는 구 조세감면규제법 56조에 따라 1989년 사업연도 법인세를 신고납부했다.

그러나 정해진 시한까지 상장하지 못하자 세무당국은 구 조세감면규제법 부칙 23조에 따라 감면받은 법인세와 방위세 65억원을 다시 부과했다.

KSS해운은 "개정 조세감면규제법이 1994년부터 시행되면서 과세근거인 부칙규정도 실효됐기 때문에 세금을 물릴 근거가 없다"며 소송을 냈지만 1~3심에서 전부 패소했다.

KSS해운은 헌법재판소에 "구 조세감면규제법 부칙 23조가 유효라고 보고 대법원이 세금을 물린 것은 기본권 침해"라며 헌법소원을 제기했다.

헌재가 "실효된 조항을 유효로 해석하는 것은 헌법상 권력분립과 조세법률주의 원칙에 위배된다"며 한정위헌 결정하자 KSS해운은 이를 근거로 대법원에 재심을 청구했다.

대법원이 구 조세감면규제법 부칙조항이 유효하다고 판결하면서 향후 유사소송에서도 비슷한 판결이 나올 것으로 전망된다.

당시 특례규정에 따라 세제혜택을 받았다가 미상장으로 인해 과세처분을 받은 곳은 KSS해운을 포함해 모두 7개 기업이다.

KSS해운 외에 SK리테일과 GS칼텍스가 헌재 위헌결정을 근거로 재심을 청구해 현재 서울고법에서 심리 중이다. 연합뉴스