정홍원 국무총리 후보자는 검찰 재직시절 굵직굵직한 특수수사를 도맡아 처리하면서 자타가 공인하는 '특수통'으로 평가받았다.

평검사 시절인 1982년 이철희·장영자 어음사기 사건과 '대도' 조세형 탈주 사건을 수사했다. 1998년 서울지검 남부지청장 시절 의정부 법조비리 사건 수사를 지휘했다. 의정부 지역의 한 변호사가 1997년 의정부지법 주변에서 브로커를 동원해 사건을 대거 수임한 의혹이 제기됐다. 수사결과 이 변호사가 판사 15명에게 명절 떡값, 휴가비 등 명목으로 수백만 원씩 건넨 사실을 밝혀냈고, 대법원은 이듬해 4월 관련 판사들을 대거 정직하는 등 중징계했다.

1991년 대검 중앙수사부 3과장으로 재직할 때는 6공 정경 유착과 공직 비리를 보여준 대표적 사건인 수서지구 택지공급 비리사건을 수사해 한보그룹이 청와대 관계자, 국회 건설위 소속 의원, 건설부 등 공무원에게 뇌물을 준 사실을 밝혀냈다.

1998년 북풍사건 수사도 지휘했다. 당시 안기부(현 국가정보원)가 고(故) 김대중 전 대통령의 당선을 막기 위해 북한과의 연루설을 퍼뜨린 사건이다. 1994년에는 서울지검 특수1부장으로 재직하며 국회 노동위원회 돈봉투 사건과 2차 장영자 사기 사건을 지휘했다.

노동위 돈봉투 사건은 당시 한국자동차보험 사장이던 김택기 전 의원이 자신의 근로기준법 위반 혐의와 관련, 국정감사에서 위증했다가 고발당할 처지에 놓이자 국회 노동위 소속 의원들에게 돈을 건넨 의혹이 제기되면서 촉발됐다.

2차 장영자 사기 사건은 10년 형기를 마치고 출소한 장 씨가 자금난에 시달리다 사채업자를 속여 예금 30억 원을 불법 인출하고 변칙 어음거래로 77억여 원을 대출받는 등 175억 원을 가로챈 일이다.