구윤철(오른쪽 두 번째) 부총리 겸 재정경제부 장관이 지난 7월 30일 정부세종청사에서 ‘2026년 세제개편안’ 관련 사전 브리핑을 하고 있다. 재경부 제공

이재명 대통령이 전면 재검토를 지시한 개인종합자산관리계좌(ISA) 제도 개편안과 관련해 정부가 ‘연간 납입한도 이월 폐지’ 계획을 철회하는 등 핀셋 손질에 나선다.

17일 관계 당국에 따르면 현재 정부는 ‘2026년 세제개편안’의 입법예고 과정에서 제기된 의견 등을 토대로 주요 쟁점별 수정 필요 사항을 들여다보고 있다.

지난 3일 발표된 올해 세제개편안은 이달 20일까지 입법예고(의견 수렴) 절차를 거친 뒤 27일 차관회의와 다음 달 1일 국무회의 의결 이후 같은 달 3일 전까지 국회에 제출될 예정이다.

우선 정부는 투자자의 지적이 집중된 ISA의 ‘연간 납입한도 이월 폐지’와 ‘계약기간 제한’을 손질하기로 방침을 정했다.

앞서 정부는 이번 세제개편안에서 ‘생산적 금융 ISA’ 상품을 신설하면서 기존에 있던 ISA의 연간 납입한도 이월 제도를 폐지했다. 해당 신설 상품에 대해서도 이월하지 못하도록 했다. 투자 과열을 막기 위해서다.

납입기간과 관련해서도 기존 및 신설 상품 모두에 각각 5년과 10년의 제한을 뒀다.

이를 두고 ‘수입이 일정하지 않은 자영업자와 프리랜서 등에게 불리하고 장기투자와 복리 효과를 떨어뜨릴 수 있다’는 지적이 나왔다.

이 대통령 역시 지난 7일 “정확하게 준비도 하지 않고 왜 그렇게 한 것이냐”며 ISA 개편안에 대한 전면 재검토를 지시했다.

정부는 이런 지적을 반영해 기존대로 납입한도를 이월할 수 있도록 하고, 계약기간도 사실상 무기한 연장이 가능하도록 수정하는 방향을 유력하게 검토 중이다.

다만 일각에서 제기되는 ‘생산적 금융 ISA의 투자 대상에 해외주식형 상장지수펀드(ETF)를 포함해달라’는 요구는 수용하지 않기로 방침을 정했다.

국내 주식, 국내주식형 펀드, 국민성장펀드 등으로 투자 대상을 제한한 규정을 유지하기로 가닥을 잡은 것이다.

생산적 금융 ISA가 국내 자본시장 활성화에 초점을 맞춘 제도인 데다 일반 ISA와 생산적 금융 ISA를 동시에 가입할 수 있다는 점 등이 고려된 것으로 풀이된다.

부동산 세제와 관련해서는 세 부담 증가, 부부 공동명의 문제, 비거주 예외 요건 등을 중심으로 의견이 제기되고 있다.

정부는 부동산 세제의 공제 방식이나 세율 등 정부안에 담긴 기본 틀을 유지한 채 국회에 이번 세제개편안을 제출할 것으로 알려졌다. 세부 쟁점은 국회 논의 과정에서 다루겠다는 취지다.

관련 기준이 느슨하고 제재 수준이 약하다는 지적을 받는 ‘주가 누르기 방지책’은 정부안을 일부 보완하는 방안을 검토 중이다. 이와 함께 국회에서 상법·자본시장법 개정안과 유기적으로 논의할 필요성이 제기된다.