신장결석에서 가장 흔한 증상은 등이나 옆구리에서 나타나는 통증이다. 강도는 다양한데, 심한 통증은 주로 갑작스럽게 발생한다. 신장결석은 주위 조직에 상처를 일으키며서 혈뇨가 나올 수 있다. 그 외에도 신장결석이 오래되면 소화불량이나 만성 식욕부진 등이 일어나는 경우가 많다.

신장결석은 소변의 흐름을 막지 않는 한, 별다른 증상이나 합병증이 생기지 않을 수 있다. 하지만 결석이 소변의 흐름을 막게 되면 통증을 유발하고 출혈, 감염 등 다양한 합병증을 일으키게 된다.

그 중에는 소변이 배출되지 못해 압력이 증가하면서 신장에 물이 차는 수신증이 있다. 또 결석이 요로 점막에 염증을 일으키고 소변의 흐름을 막으면 균의 침범에 대한 저항력이 떨어져 신우신염 등 비뇨기계 감염이 발생할 수 있다.

이것이 만성으로 진행되면 신장 기능이 떨어지고 신장 주위에 고름이 차면서 농양으로 진행하는 경우도 생긴다. 고름을 빼내는 수술이 필요할 수 있다.