동남권 광역교통본부는 모델인 수도권 교통본부처럼 부산 울산 경남이 조합을 설립해 공동 운영하는 형태를 띨 것으로 보인다. 다만 수도권 교통본부의 단점을 최대한 보완해야 한다는 게 부·울·경의 공통된 의견이다.
수도권 교통본부는 지방자치법 159조에 따른 지방자치단체조합이다. 따라서 기능적 측면에서 관련 지자체의 협의가 결렬되면 법적인 권한이 줄면서 처리사무가 제한됐고, 인력·조직적 측면에서는 대부분 교통 분야 근무경험이 없는 파견 공무원이 1~2년 근무하다가 복귀해 업무의 연속성과 전문성이 떨어진다는 지적이 나오고 있다. 실제로 지자체 간 이해가 첨예하게 대립할 때 파견 공무원이 소속 지자체의 입장을 대변해 내부 입장 조율이 곤란한 경우도 더러 있다.
재원의 구조적 측면을 보면 지자체의 분담금에 절대적으로 의존하고 있어 교통본부의 자체 사업 발굴과 추진에 한계가 있다는 지적도 있다. 수도권 교통본부는 서울, 경기, 인천이 조합운영 부담금과 인력을 5:5:3 원칙으로 분담하고 있다.
부·울·경은 수도권 교통본부의 문제점을 개선한 동남권 광역교통본부를 설립하기 위해 법규에 따라 처리사무의 범위를 구체적으로 규정하고 조직 운영에 있어 독립성과 자율성을 부여하는 방안을 찾고 있다. '광역교통기구의 구성과 운영에 관한 특별법'(가칭)을 제정해 법적 권능을 부여한 뒤 조합을 설립하거나 지방자치법에 의해 조합을 우선 구성한 뒤 특별법을 제정해 법적 권능을 부여하는 등 두 가지 방안이 검토되고 있다.
