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정부가 추진 중인 각종 종합부동산세(종부세) 특례 관련 법안이 이번 주 내 국회에서 처리되지 않으면 올해 특례 적용 과정에서 혼란이 벌어질 것으로 우려된다.

16일 기획재정부와 국세청에 따르면 정부는 각종 종부세 특례 관련 신청을 다음 달 16일 시작하기로 했다.

해당 특례는 ▷1세대 1주택자가 저가의 상속주택이나 지방주택을 추가로 보유하게 된 경우 ▷이사 등의 목적으로 일시적 2주택자가 된 경우에 올해 종부세 부과 때부터 1주택자 혜택을 주는 것이다. 이와 함께 정부는 1세대 1주택자에 종부세 특별공제 3억 원을 도입해 공제 금액을 기존 11억 원에서 14억 원으로 올리는 혜택(올해에 한정)도 주기로 했다.

지난해부터 도입된 ‘부부 공동명의 1주택자 과세특례’도 있다. 이는 부부 공동명의 1주택자가 1세대 1주택 단독명의자와 같은 방식으로 종부세를 낼 수 있도록 허용하는 제도다.

이들 특례에 대한 신청이 다음 달 16일 시작되는데 그보다 앞서 대상자 안내 등이 원활히 진행되려면 오는 20일까지는 관련 법안이 최소한 국회 상임위원회 단계에서 처리돼야 한다는 게 기재부와 국세청의 입장이다. 김창기 국세청장은 지난 1일 국회 업무보고에서 종부세 특례 적용과 관련해 “이달 20일까지 (국회 의결이) 되면 원활하게 집행이 가능할 것”이라고 강조한 바 있다.

종부세 특례 관련 법안이 9월 16일 이전에 처리되더라도 8월 20일을 넘기게 되면 특례 대상자에 대한 개별 안내가 차질을 빚을 수 있다. 국세청 관계자는 “세법 해석과 적용이 만만치 않기 때문에 안내가 제대로 이뤄지지 않으면 납세자들이 일대 혼란을 겪을 가능성이 크다”고 우려했다.

새로 도입되는 과세특례의 신고서 양식 등을 규정할 시행규칙을 개정할 시간이 부족해진다는 점도 문제다. 종부세 특례를 9월 신청하지 않더라도 고지서 발송 후 신고·납부 기간인 12월 1~15일 자진신고로 특례를 반영해 고지 내용을 수정할 수는 있다. 추후 이의 신청이나 경정(수정) 청구를 하는 방법도 있다.

하지만 이 경우 개별 납세자의 신고 부담이 크게 늘고, 내용을 잘 몰라 특례를 신청하지 못하거나 잘못 신청하는 등 오류가 속출하고 민원도 폭증해 행정력 낭비가 생길 가능성이 있다.