새 정부의 골격을 짜는 정부조직 개편안은 역대정부에서도 국회에서 여야 간 극심한 진통 끝에 어렵사리 합의점을 도출해온 마찰 사안이었다.

이에 따라 새 정부의 순조로운 출범이 어려워질 정도로 대립한 경우가 있는가 하면, 대통령직인수위원회 단계 때 최소한의 조직개편을 하거나 아예 조직개편에 손대지 않고 정부 출범 후 순차적으로 조직개편에 나선 사례도 있다.

박근혜 정부 역시 방송정책 업무 분장을 둘러싼 여야 간 평행선 공방이 이어지면서 새 정부 출범 이후에야 여야가 정부조직법 개정안에 합의하는 초유의 사태를 빚었다.

다만 첨예한 대립에도 불구하고 17일 여야가 합의한 개편안은 과거 정부의 사례와 달리 인수위가 마련한 부처 수에 증감이 발생하지 않은 채 부처 명칭이나 업무분장의 조정 등과 같은 미세수정이 이뤄졌다는 점이 특징으로 요약된다.

1993년 김영삼 정부의 조직개편은 대통령 취임을 이틀 앞둔 2월23일 국회에서 부분 수정 선에서 처리됐다.

문화부와 체육청소년부를 문화체육부로 통합하는 안은 체육청소년 담당 차관보를 두는 선에서 합의가 이뤄졌다. 동력자원부를 상공부에 흡수하려던 계획은 야당의반대에 부딪혀 상공자원부로 명칭을 정하는 선에서 절충이 이뤄졌다.

김영삼 정부는 1994년과 1996년에도 조직개편을 단행해 14부5처14청으로 정권을마감했다.

1998년 김대중 정부의 첫 조직개편은 야당인 한나라당과의 이견을 좁히지 못해 2월 임시국회 마지막날 밤에야 정부조직법 개정안을 처리할 정도로 진통을 겪었다.

핵심쟁점은 대통령 직속의 장관급 기획예산처 설치였다. 한나라당이 기획예산 기능까지 추가하면 무소불위의 대통령이 될 것이라고 반대해 결국 대통령 직속 장관급기획예산위원회와 재정경제부 산하 차관급 예산청을 분리하는 선에서 타협을 봤다.

폐지키로 했던 해양수산부는 당시 김영삼 대통령과 김대중 대통령 당선인의 합의에 따라 되살아났고, 대통령 직속 장관급 중앙인사위 신설 계획은 백지화됐다. 1급청으로 낮추려던 농촌진흥청, 병무청, 조달청, 산림청, 식품의약품안전청은 종래대로 차관급으로 유지됐다.

2003년 노무현 정부는 인수위 단계에서 정부조직 개편 공약 전면 유보를 선언해김대중 정부처럼 국회 논의 과정의 진통은 없었다.

노 대통령은 대선 후보 시절 경제, 예산, 통상, 금융감독 등 기능과 업무조정이요구되는 분야의 정부조직 개편과 소방청 신설, 식품의약품안전청 기능 확대 등을 공약했다.

그러나 인수위 출범 후 조직개편을 둘러싼 각종 이견이 제기됨에 따라 '조직개편 최소화와 소프트웨어 중심 개혁' 원칙을 세워 청와대 직제개편을 제외한 정부 조직은 인수위 단계에서 손대지 않았다.

2008년 이명박 정부의 조직개편은 역대 어느 정부보다 험난한 과정을 거쳤다.

이명박 대통령의 인수위는 통일부, 여성부, 해양수산부를 폐지하는 정부조직법 개정안을 국회에 제출했지만 통합민주당이 3개 부처 폐지에 극렬히 반대했다.

결국 3개 부처 중 통일부와 여성부를 존치하고 해양수산부는 국토해양부와 농림수산식품부로 기능을 분산하는 선에서 매듭을 지었다. 인수위가 구상한 '13부 장관+특임장관 2명' 등 15명의 국무위원 체제는 '15부 장관+특임장관 1명' 체제로 변모했다.

폐지 대상이던 국가균형발전위원회, 아시아문화중심도시조성위원회, 경제사회발전노사정위원회, 국가생명윤리심의위원회 등 대통령 소속 자문위원회도 존치로 결론났다.

전 정권에 없던 정권의 초대 국무위원 후보자에 대한 인사청문회가 이명박 정부부터 실시됨에 따라 이 대통령은 새 정부의 지각 출범을 막기 위해 조직 개편 협상이 끝나기 전에 조각 인선안을 발표하는 파행을 겪기도 했다. 연합뉴스