구윤철(가운데) 부총리 겸 재정경제부 장관이 지난달 30일 정부세종청사에서 ‘2026년 세제개편안’ 관련 사전 브리핑을 하고 있다. 재경부 제공

보유세(재산세·종합부동산세)를 강화한 정부가 그와 동시에 장기 거주자나 고령·지방주택에 대한 과세특례 등을 신설해 세 부담 완화에 나선다.

재정경제부(재경부)는 3일 세제발전심의위원회를 열어 이런 내용이 담긴 ‘2026년 세제개편안’을 확정·발표했다.

이번 세제개편안은 ▷잠재성장률 반등 지원 ▷민생 지원 및 지방우대 ▷부동산 등 공정과세를 위한 조세개혁 추진 ▷세제 합리화 및 납세 편의 제고 등 4대 방향에 초점이 맞춰졌다.

핵심은 부동산 세제다. 우선 정부는 지방주택 활성화를 지원하고자 이런 내용의 ‘고령 1주택자에 대한 양도세 과세 특례’를 신설했다.

이에 따라 양도일을 기준으로 65세 이상 1세대 1주택자가 특수관계인(직계비속 등 친족 또는 지배법인)을 제외한 제3자에게 수도권 주택을 양도하고 그 이후 6개월 이내에 비수도권으로 이주하면 양도세를 감면받게 된다.

다만 이 특례는 2028년 12월 31일까지만 한시 적용된다. 이 기간 양도세 감면율은 내년 50%(한도 5억 원), 2028년 30%(3억 원 한도)다.

수도권 주택의 기준은 ‘5년 이상 거주한 주택으로서 양도일 현재 2년 이상 계속 거주 중인 주택’이다. 양도일로부터 5년 이내에 다시 수도권으로 이주하거나 수도권 주택을 취득하면 감면 세액을 추징받게 된다. 비수도권 이주 후 실제 거주해야 하는 요건도 있다.

이 밖에도 정부는 다주택자의 조정대상지역 주택에 대한 양도세 중과를 내년부터 2028년까지 한시 완화한다. 종부세 강화에 따른 매도 기회를 부여하기 위해서다.

지금은 3주택 이상인 경우 30%포인트가 세율에 중과되는데 내년에는 10%포인트만 중과 적용한다. 2028년에는 15%포인트가 중과된다. 이후 2029년부터는 다시 30%포인트를 적용한다는 게 정부 계획이다.

2주택자는 ▷현행 20%포인트 ▷2027년 5%포인트 ▷2028년 10%포인트 ▷2029년 이후 20%포인트다.

조정대상지역 내 일시적 2주택자에 대한 양도세·종부세 1세대 1주택 특례 기간은 3년에서 2년으로 단축하고, 조정대상지역 소재 매입임대 아파트에 대한 양도세 중과배제 및 장기보유특별공제 우대는 단계적으로 폐지한다.

아울러 정부는 1년 이상 계속 거주 중인 주택에서 부득이한 사유 때문에 다른 시·군으로 이전할 경우 기존 주택에서 거주하지 않은 기간도 ‘거주 기간’으로 인정하기로 했다.

이렇게 되면 각종 세 혜택을 계속 받을 수 있다. 인정 기간은 최장 3년이다. 정부가 제시한 ‘부득이한 사유’는 취학(고등학교·대학교), 직장 변경 및 전근, 질병(1년 이상 치료·요양), 전학(학교폭력 피해) 등이다.

다주택자 양도세 중과, 1세대 1주택 양도세 특례 적용 시 주택 수 산정에서 제외되는 일부 특례주택(지방저가주택, 인구감소지역 주택, 준공 후 미분양 주택 등)은 해당 특례주택 보유기간을 거주기간으로 인정해줄 방침이다.