구윤철(가운데) 부총리 겸 재정경제부 장관이 지난달 30일 정부세종청사에서 ‘2026년 세제개편안’ 관련 사전 브리핑을 하고 있다. 재경부 제공

정부가 부동산 세제 정상화를 위해 비거주 주택이나 일정가액 이상 주택에 대한 종합부동산세(종부세) 및 양도소득세(양도세) 부담을 강화한다.

특히 현행 장기보유특별공제(장특공제)를 대대적으로 개편한다. ‘보유 공제’를 ‘거주 공제’로 바꾼 것이 핵심이다.

거주 여부와 상관없이 집을 보유한 사람에게 주던 세 혜택을 사실상 폐지한 것이다.

재정경제부(재경부)는 3일 세제발전심의위원회를 열어 이런 내용이 담긴 ‘2026년 세제개편안’을 확정·발표했다.

이번 세제개편안은 ▷잠재성장률 반등 지원 ▷민생 지원 및 지방우대 ▷부동산 등 공정과세를 위한 조세개혁 추진 ▷세제 합리화 및 납세 편의 제고 등 4대 방향에 초점이 맞춰졌다.

핵심은 부동산 세제다. 우선 정부는 장특공제 제도를 이원화하고 명칭도 변경했다.

장특공제는 주택을 일정 기간 보유한 경우 거주 여부와 상관 없이 양도차익에 공제율을 적용해 세 부담을 낮춰주는 제도다.

예를 들어 1주택을 3년 이상 보유하면 실제 살지 않았어도 연 12~40%의 공제율을 적용받게 되는데, 만약 거주 기간(2년 이상)에 따른 공제(연 8~40%)를 합하면 최대 80%라는 상당히 높은 공제율을 적용받을 수 있다.

이런 구조가 이른바 ‘똘똘한 한 채’ 보유를 조장한다는 지적이 끊이지 않았다.이에 정부는 현행 장특공제를 주택과 주택 외로 이원화해 주택은 ‘장기거주 소득공제’로, 주택 외는 ‘장기보유 소득공제’로 명칭을 변경하기로 했다.

특히 거주 지원을 위해 현행 보유 공제를 거주 공제로 전환한다.

이에 따라 1세대 1주택자의 장특공제 공제율은 현재 ‘보유 4~40% + 거주 4~40%’에서 ‘거주 8~80%’로 바뀐다.

보유 공제가 사실상 폐지되고 거주 공제가 강화되는 셈이다.

다주택자(비조정대상지역 기준) 역시 현재 ‘보유 2~30%’에서 ‘거주 2~30%’로 전환된다.

특히 정부는 공제수준 합리화를 위해 장기거주 소득공제 한도를 신설했다. 2028년 20억 원을 거쳐 2029년 이후 10억 원이 한도가 된다.

해당 한도가 2028년부터 적용되는 것은 정부가 이번 장특공제 개편을 내년부터 당장 시행하지 않고 1년간 유예하기로 방침을 정했기 때문이다.

보유 공제가 사실상 폐지되는 만큼 시장에 미칠 충격 등을 감안해 1년 유예 후 단계적으로 시행한다는 게 정부 계획이다.