특히 사건 은폐 시도는 연제·사하서뿐 아니라 부산청 차원에서 이뤄졌다는 정황이 드러나 파문이 확산되고 있다. 지난달 9일 연제서 소속 학교전담경찰관 A(31) 씨와 성관계를 맺은 여고생의 상담을 맡은 청소년 보호기관이 해당 경찰서에 문의하기 전에 부산청 실무 부서에 이런 내용을 알린 것으로 이날 확인됐다. 게다가 경찰청 감사팀은 지난 1일 부산청에 연제서 사건에 관한 진상을 파악해 달라고 요청했고, 부산청 청문감사담당관 감사계는 연제서를 통해 이 사실을 확인하고 본청에 보고했다. 부산청 감사계 측은 "해당 직원이 사직한 만큼 별 문제가 안 될 것으로 보고 부산청 상부에는 보고하지 않았다"고 해명했다. 하지만 경찰 조직 특성상 문서보고는 아니라도 상부에 구두보고는 이뤄졌을 가능성이 있다는 지적이 나오고 있다. 이번 사태에 관한 국민적 공분과 의혹이 증폭되는 만큼 본청 차원의 절저한 감찰 및 수사와 함께 더 있을지 모를 청소년 피해자를 찾아내기 위해 전수조사를 해야 한다는 지적이 많다.