행개위가 이번에 의결한 개편안은 6월 말에 대통령과 19대 국회에 보고되면 국회에서 입법절차를 거쳐야 최종적으로 효력을 발휘한다. 광역시의 자치구·군 폐지는 지방자치법을 개정함으로써 완성된다.

하지만 서울을 뺀 6대 광역시에서 구청장과 군수조차 선출하지 못하게 하는 점에서 국회 논의 과정에서 논란이 불가피할 전망이다. 행개위가 이번에 의결한 내용대로 기능재편이 이뤄지면 부산의 경우 2014년 지방선거부터 구청장·군수, 구의원과 군의원을 뽑는 선거는 사라지고 대신에 구청장과 군수는 부산시장이 임명하는 방식으로 바뀐다.

자치구·군 통폐합안은 해당 자치단체 의회나 주민투표로 결정되는 것이 원칙이지만, 이번 개편안에 국가가 필요로 하는 지역은 강행 처리한다는 입장을 분명히 해 추진과정에서 역시 진통이 예상된다.